就在政治体制转换的同时，明代士人思潮及士风，也在复杂而动荡不安的政治大背景下，开始了自己的转变之旅。
明代士人之思想，起始秉承的是程朱理学。明成祖亲自作序颁布的三部理学《大全》：《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》，实为程朱学派的论著汇总，程朱理学自此一统天下而成为明朝的国学，顾炎武在《日知录》中论当时情形为“家孔孟而户程朱”，“八股行而古学弃，《大全》出而经学亡。”
由于宋明理学都片面强调所谓的“去人欲，存天理”之纯粹的伦理道德，虽然有其积极一的一面，但也使得一些士大夫们对节操和伦理道德方面的追求，几近于偏执，这种极端思潮对整个社会亦产生了相当的负面影响。
因为对伦理思想的极端化和绝对化，所以“去人欲，存天理”这种政治伦理思想直接取代了社会经济思想之范畴，它要求人们禁绝自己的“私欲”，声色犬马固然不可以，“慕富贵”、“尤贫贱”也必须去掉，以求富贵为耻为道德品格的底下。尤其在嘉靖、隆庆以后，“禁欲存理”之论日益高涨，这显然对社会生产力的提高产生了极大的阻碍作用。
明继程朱理学后，对伦理道德的越来越重的绝对化和权威化，对人性和思想的桎梏也是显而易见的。相当部分士人们因为此种对伦理和个人道德等方面的极端追求，行为迹近于“偏执”，同时将纯粹的伦理道理政治化，完全取代了政治理念和主张，有时甚至到了叫人目瞪口呆、匪夷所思的地步。他们可以为了维护某种信念和节操，前赴后继并持之以恒数十年地争执一件没有任何实际意义，或者连他们自己也不知道后果是好是坏的事。
如前文提到的嘉靖朝“大礼议”事件，满朝的大臣就居然非要逼着皇上认伯父伯母为父母，不得以自己父母为父母，实在是有些滑天下之大稽。而当有人想出了两边都不得罪的折中方案时，这些近乎“偏执”的士大夫们，更准备设计将其在皇宫内群殴打死了事。万历朝的要求福王“之封国”事件，其中的福王有否去自己封国，和朝政关系不大，亦纯属宗**理和祖制要求但没有任何实际意义的事。像此等皇帝和大臣仅因礼仪或伦理等事由而意见相左，对峙数年乃至数十年不决，以至朝政荒废纲纪沦丧者，为中国历史所仅见。
虽然朝臣中的绝大多数人这种不怕罢官、不畏生死与皇帝对峙的骨气颇为可嘉，但他们的所作所为，却体现出了一种非常不足取的对道德的偏执。朝士们孜孜以他们所谓的“道理”为大道，以求个人名节为重，为显一己名节之私而全然不顾大体，什么国计民生一概弃之脑后，实实在在地上演了一场叫人哭笑不得的闹剧。
在承认士人群体对伦理道德执着大体是纯粹的同时，我们也还必须看到，在这种“偏执”的背后，时常也有些不那么纯粹并相当的功利的人和事存在，尽管它们都往往被冠以道德和正义之名。
嘉靖朝的“大礼议”或者叫“议大礼”事件，在这些问题上是个面面俱到的典型案例，事情本身又很有意思，比较值得细谈一番。！
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